奇怪的小偷基德的通知信出现在北海道函馆、斧河财阀收藏的图书馆。这基德将偷取的是，江户幕府时期新选的三岁日本人的副团长刀。基德，一个总是追逐奢华珠宝的小偷，现在盯上了刀?此时，被称为西方著名侦探的服部和柯南也因为剑道会议来到函馆，而在基德被处决的当天，平司识破了基德的伪装，展开了追击!与此同时，在函馆仓库街发现了一具胸前有十字伤的尸体。在搜查过程中，发现了一名日裔美国军火商，被称为“死亡商人”，活跃在亚洲。这名男子一直在寻找藏在函馆的友成家族原主人的宝藏。斧江家江户幕府战争年代深耕产业，传说这宝是一件能扭转末世幕布纷争的强大武器，这宝似乎与追基德偷刀有着千丝万缕的联系。就在基德瞄准刀的同时，一个剑客也向基德走来……